Localizado no edifício circular, em vidro e marco da Casa de la Cultura, é uma das maiores coleções de arte equatoriana do país, com magníficas obras de arte religiosa pré-hispânica e colonial. A coleção do museu inclui mais de 1000 peças de cerâmica datadas de 12.000 aC a 1534 dC, com destaque para as garrafas de apito da cultura Chorrera, figuras mostrando a deformação do crânio praticada pela cultura Machalilla, taças de serpente selvagem das representações Jama-Coaque e cerâmica de tzantzas (cabeças encolhidas).Os “machados de moedas” da cultura Milagro-Quevedo e as famosas cadeiras de pedra cerimoniais da cultura Manteños também são interessantes. Exibe na Sala de Oro (Gold Room) incluem uma magnífica máscara de sol dourado radiante. As exposições arqueológicas incluem pontas de flechas dos primeiros caçadores-coletores nômades do Equador, a cultura Valdivia (primeiros agricultores agrícolas do Equador) e o Inca.